Project measure / variable:   Berndt2   expiratory_mch10

ID, description, units MPD:35123   expiratory_mch10   expiratory phase   [s]  10 MCh  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - expiratory phase 10 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.209   s 0.191   s
Median of the strain means0.203   s 0.184   s
SD of the strain means± 0.0732 ± 0.0488
Coefficient of variation (CV)0.350 0.256
Min–max range of strain means0.107   –   0.495   s 0.110   –   0.328   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0345 0.0345 13.3537 0.0003
strain 28 1.5993 0.0571 22.1077 < 0.0001
sex:strain 28 0.1595 0.0057 2.2044 0.0005
Residuals 412 1.0645 0.0026


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.242 0.0644   8 0.0228 0.266 0.153, 0.336 0.45
129S1/SvImJ m 0.194 0.0419   8 0.0148 0.216 0.143, 0.255 0.07
A/J f 0.173 0.0445   8 0.0157 0.258 0.132, 0.264 -0.49
A/J m 0.174 0.051   8 0.018 0.294 0.138, 0.286 -0.34
AKR/J f 0.185 0.0612   8 0.0216 0.33 0.0933, 0.283 -0.33
AKR/J m 0.185 0.0367   8 0.013 0.198 0.147, 0.235 -0.12
BALB/cByJ f 0.149 0.0151   8 0.00535 0.102 0.126, 0.165 -0.82
BALB/cByJ m 0.158 0.0491   8 0.0174 0.311 0.114, 0.272 -0.67
BALB/cJ f 0.14 0.0276   10 0.00872 0.198 0.106, 0.186 -0.94
BALB/cJ m 0.119 0.0153   10 0.00483 0.128 0.0968, 0.143 -1.47
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.153 0.0384   8 0.0136 0.25 0.105, 0.228 -0.76
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.158 0.0506   8 0.0179 0.321 0.116, 0.274 -0.67
BUB/BnJ f 0.232 0.0383   7 0.0145 0.165 0.203, 0.312 0.32
BUB/BnJ m 0.188 0.0409   8 0.0145 0.218 0.143, 0.263 -0.05
C3H/HeJ f 0.276 0.0528   8 0.0187 0.191 0.228, 0.391 0.92
C3H/HeJ m 0.288 0.104   8 0.0368 0.362 0.158, 0.511 1.99
C57BL/10J f 0.18 0.025   8 0.00884 0.139 0.143, 0.215 -0.4
C57BL/10J m 0.132 0.0144   7 0.00543 0.109 0.111, 0.152 -1.2
C57BL/6J f 0.205 0.0283   7 0.0107 0.138 0.18, 0.259 -0.05
C57BL/6J m 0.192 0.0401   13 0.0111 0.208 0.122, 0.268 0.03
C57BLKS/J f 0.163 0.0186   11 0.00561 0.114 0.13, 0.188 -0.63
C57BLKS/J m 0.149 0.053   8 0.0187 0.355 0.0976, 0.238 -0.85
C57BR/cdJ f 0.183 0.0508   6 0.0207 0.278 0.124, 0.261 -0.35
C57BR/cdJ m 0.165 0.034   8 0.012 0.206 0.112, 0.225 -0.53
C57L/J f 0.183 0.0335   8 0.0119 0.184 0.144, 0.244 -0.35
C57L/J m 0.151 0.0302   8 0.0107 0.2 0.117, 0.204 -0.81
CBA/J f 0.164 0.0154   8 0.00544 0.0938 0.138, 0.18 -0.61
CBA/J m 0.171 0.0212   8 0.00749 0.124 0.14, 0.207 -0.4
CE/J f 0.22 0.0629   8 0.0223 0.286 0.162, 0.354 0.15
CE/J m 0.211 0.0607   9 0.0202 0.287 0.139, 0.307 0.42
DBA/1J f 0.168 0.0328   10 0.0104 0.195 0.116, 0.238 -0.56
DBA/1J m 0.172 0.0396   8 0.014 0.23 0.118, 0.241 -0.38
DBA/2J f 0.159 0.0288   8 0.0102 0.181 0.132, 0.224 -0.68
DBA/2J m 0.184 0.0322   10 0.0102 0.175 0.142, 0.237 -0.14
FVB/NJ f 0.203 0.0319   8 0.0113 0.158 0.167, 0.256 -0.08
FVB/NJ m 0.155 0.0254   7 0.00962 0.164 0.124, 0.202 -0.73
I/LnJ f 0.209 0.0488   7 0.0185 0.233 0.16, 0.287 0.0
I/LnJ m 0.213 0.0428   5 0.0192 0.201 0.162, 0.264 0.46
KK/HlJ f 0.226 0.0463   8 0.0164 0.206 0.157, 0.298 0.23
KK/HlJ m 0.204 0.0731   6 0.0299 0.359 0.118, 0.336 0.27
LP/J f 0.262 0.0589   8 0.0208 0.225 0.19, 0.347 0.73
LP/J m 0.217 0.043   8 0.0152 0.198 0.123, 0.26 0.54
NOD/ShiLtJ f 0.203 0.0369   8 0.0131 0.182 0.152, 0.265 -0.08
NOD/ShiLtJ m 0.17 0.0426   8 0.0151 0.251 0.119, 0.244 -0.42
NON/ShiLtJ f 0.495 0.115   8 0.0405 0.231 0.367, 0.641 3.91
NON/ShiLtJ m 0.328 0.125   8 0.0442 0.381 0.165, 0.548 2.81
NZW/LacJ f 0.214 0.0683   8 0.0242 0.32 0.157, 0.369 0.07
NZW/LacJ m 0.217 0.0453   8 0.016 0.208 0.154, 0.28 0.54
PL/J f 0.351 0.114   8 0.0402 0.324 0.221, 0.542 1.94
PL/J m 0.279 0.0623   8 0.022 0.223 0.185, 0.396 1.81
RIIIS/J f 0.153 0.0215   8 0.00761 0.141 0.116, 0.185 -0.76
RIIIS/J m 0.175 0.0353   8 0.0125 0.201 0.121, 0.221 -0.32
SJL/J f 0.22 0.0441   8 0.0156 0.2 0.157, 0.285 0.15
SJL/J m 0.235 0.0515   8 0.0182 0.219 0.163, 0.304 0.91
SM/J f 0.107 0.0166   8 0.00589 0.155 0.0908, 0.132 -1.39
SM/J m 0.11 0.0154   8 0.00543 0.14 0.0896, 0.129 -1.65
SWR/J f 0.241 0.0654   8 0.0231 0.272 0.171, 0.345 0.44
SWR/J m 0.235 0.051   9 0.017 0.217 0.155, 0.327 0.91


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.2424 0.018 0.2777 0.207
129S1/SvImJ m 0.1938 0.018 0.2291 0.1584
A/J f 0.1727 0.018 0.2081 0.1374
A/J m 0.1736 0.018 0.209 0.1383
AKR/J f 0.1853 0.018 0.2206 0.15
AKR/J m 0.1854 0.018 0.2207 0.15
BALB/cByJ f 0.1491 0.018 0.1845 0.1138
BALB/cByJ m 0.1581 0.018 0.1935 0.1228
BALB/cJ f 0.1395 0.0161 0.1711 0.1079
BALB/cJ m 0.1194 0.0161 0.151 0.0878
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.1535 0.018 0.1888 0.1182
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.158 0.018 0.1933 0.1227
BUB/BnJ f 0.2323 0.0192 0.2701 0.1945
BUB/BnJ m 0.1879 0.018 0.2232 0.1525
C3H/HeJ f 0.2765 0.018 0.3118 0.2412
C3H/HeJ m 0.2876 0.018 0.323 0.2523
C57BL/10J f 0.1801 0.018 0.2155 0.1448
C57BL/10J m 0.1321 0.0192 0.1699 0.0944
C57BL/6J f 0.2046 0.0192 0.2423 0.1668
C57BL/6J m 0.1923 0.0141 0.22 0.1646
C57BLKS/J f 0.1626 0.0153 0.1928 0.1325
C57BLKS/J m 0.1491 0.018 0.1844 0.1137
C57BR/cdJ f 0.1828 0.0208 0.2236 0.142
C57BR/cdJ m 0.1649 0.018 0.2002 0.1295
C57L/J f 0.1826 0.018 0.218 0.1473
C57L/J m 0.151 0.018 0.1863 0.1157
CBA/J f 0.164 0.018 0.1993 0.1287
CBA/J m 0.171 0.018 0.2063 0.1357
CE/J f 0.2198 0.018 0.2551 0.1844
CE/J m 0.2113 0.0169 0.2446 0.178
DBA/1J f 0.1679 0.0161 0.1995 0.1363
DBA/1J m 0.1723 0.018 0.2076 0.1369
DBA/2J f 0.1593 0.018 0.1946 0.1239
DBA/2J m 0.1844 0.0161 0.216 0.1528
FVB/NJ f 0.2025 0.018 0.2378 0.1672
FVB/NJ m 0.1549 0.0192 0.1926 0.1171
I/LnJ f 0.2093 0.0192 0.2471 0.1715
I/LnJ m 0.2134 0.0227 0.2581 0.1687
KK/HlJ f 0.2255 0.018 0.2608 0.1902
KK/HlJ m 0.2035 0.0208 0.2443 0.1627
LP/J f 0.2619 0.018 0.2972 0.2265
LP/J m 0.2175 0.018 0.2528 0.1822
NOD/ShiLtJ f 0.2026 0.018 0.238 0.1673
NOD/ShiLtJ m 0.1699 0.018 0.2052 0.1345
NON/ShiLtJ f 0.4951 0.018 0.5305 0.4598
NON/ShiLtJ m 0.3278 0.018 0.3631 0.2924
NZW/LacJ f 0.2139 0.018 0.2492 0.1785
NZW/LacJ m 0.2173 0.018 0.2526 0.1819
PL/J f 0.3514 0.018 0.3867 0.316
PL/J m 0.2794 0.018 0.3147 0.244
RIIIS/J f 0.1528 0.018 0.1881 0.1174
RIIIS/J m 0.1754 0.018 0.2107 0.14
SJL/J f 0.2201 0.018 0.2555 0.1848
SJL/J m 0.2346 0.018 0.27 0.1993
SM/J f 0.1074 0.018 0.1427 0.0721
SM/J m 0.1096 0.018 0.145 0.0743
SWR/J f 0.2407 0.018 0.2761 0.2054
SWR/J m 0.2354 0.0169 0.2688 0.2021


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.2181 0.0127 0.243 0.1931
A/J both 0.1732 0.0127 0.1982 0.1482
AKR/J both 0.1853 0.0127 0.2103 0.1604
BALB/cByJ both 0.1536 0.0127 0.1786 0.1286
BALB/cJ both 0.1294 0.0114 0.1518 0.1071
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.1558 0.0127 0.1807 0.1308
BUB/BnJ both 0.2101 0.0132 0.2359 0.1842
C3H/HeJ both 0.2821 0.0127 0.307 0.2571
C57BL/10J both 0.1561 0.0132 0.182 0.1303
C57BL/6J both 0.1984 0.0119 0.2219 0.175
C57BLKS/J both 0.1559 0.0118 0.1791 0.1326
C57BR/cdJ both 0.1739 0.0137 0.2008 0.1469
C57L/J both 0.1668 0.0127 0.1918 0.1418
CBA/J both 0.1675 0.0127 0.1925 0.1425
CE/J both 0.2155 0.0123 0.2398 0.1913
DBA/1J both 0.1701 0.0121 0.1938 0.1464
DBA/2J both 0.1718 0.0121 0.1955 0.1481
FVB/NJ both 0.1787 0.0132 0.2045 0.1528
I/LnJ both 0.2113 0.0149 0.2406 0.1821
KK/HlJ both 0.2145 0.0137 0.2415 0.1875
LP/J both 0.2397 0.0127 0.2647 0.2147
NOD/ShiLtJ both 0.1863 0.0127 0.2112 0.1613
NON/ShiLtJ both 0.4114 0.0127 0.4364 0.3865
NZW/LacJ both 0.2156 0.0127 0.2405 0.1906
PL/J both 0.3154 0.0127 0.3404 0.2904
RIIIS/J both 0.1641 0.0127 0.189 0.1391
SJL/J both 0.2274 0.0127 0.2524 0.2024
SM/J both 0.1085 0.0127 0.1335 0.0835
SWR/J both 0.2381 0.0123 0.2624 0.2138




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS