Project measure / variable:   Berndt2   expiratory_mch5

ID, description, units MPD:35122   expiratory_mch5   expiratory phase   [s]  5 MCh  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - expiratory phase 5 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.205   s 0.201   s
Median of the strain means0.201   s 0.194   s
SD of the strain means± 0.0432 ± 0.0421
Coefficient of variation (CV)0.210 0.209
Min–max range of strain means0.134   –   0.294   s 0.111   –   0.282   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0023 0.0023 0.7884 0.3751
strain 28 0.7177 0.0256 8.6427 < 0.0001
sex:strain 28 0.091 0.0032 1.0953 0.3396
Residuals 412 1.2219 0.003


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.272 0.0767   8 0.0271 0.282 0.15, 0.363 1.54
129S1/SvImJ m 0.258 0.0874   8 0.0309 0.339 0.138, 0.358 1.35
A/J f 0.168 0.0328   8 0.0116 0.195 0.135, 0.225 -0.87
A/J m 0.175 0.0237   8 0.0084 0.136 0.142, 0.209 -0.62
AKR/J f 0.189 0.0627   8 0.0222 0.332 0.0879, 0.307 -0.38
AKR/J m 0.236 0.0701   8 0.0248 0.297 0.152, 0.393 0.83
BALB/cByJ f 0.181 0.0271   8 0.00958 0.15 0.149, 0.22 -0.57
BALB/cByJ m 0.175 0.0311   8 0.011 0.178 0.143, 0.235 -0.62
BALB/cJ f 0.16 0.0257   10 0.00812 0.16 0.117, 0.205 -1.05
BALB/cJ m 0.143 0.0111   10 0.00352 0.0777 0.121, 0.162 -1.38
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.144 0.0416   8 0.0147 0.289 0.0981, 0.235 -1.42
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.111 0.0099   8 0.0035 0.0889 0.101, 0.128 -2.15
BUB/BnJ f 0.213 0.0477   7 0.018 0.224 0.17, 0.28 0.18
BUB/BnJ m 0.282 0.097   8 0.0343 0.344 0.16, 0.452 1.92
C3H/HeJ f 0.294 0.119   8 0.042 0.404 0.187, 0.533 2.05
C3H/HeJ m 0.261 0.0767   8 0.0271 0.294 0.183, 0.386 1.42
C57BL/10J f 0.172 0.0256   8 0.00905 0.149 0.141, 0.215 -0.77
C57BL/10J m 0.16 0.0213   7 0.00804 0.133 0.133, 0.194 -0.98
C57BL/6J f 0.213 0.0264   7 0.00998 0.124 0.17, 0.245 0.18
C57BL/6J m 0.204 0.0416   13 0.0115 0.204 0.164, 0.278 0.07
C57BLKS/J f 0.199 0.0393   11 0.0118 0.198 0.157, 0.281 -0.15
C57BLKS/J m 0.19 0.0339   8 0.012 0.178 0.144, 0.24 -0.27
C57BR/cdJ f 0.159 0.0291   6 0.0119 0.183 0.129, 0.211 -1.07
C57BR/cdJ m 0.175 0.0405   8 0.0143 0.231 0.13, 0.237 -0.62
C57L/J f 0.175 0.0286   8 0.0101 0.164 0.129, 0.224 -0.7
C57L/J m 0.194 0.0322   8 0.0114 0.166 0.152, 0.245 -0.17
CBA/J f 0.185 0.0165   8 0.00582 0.0887 0.162, 0.213 -0.47
CBA/J m 0.191 0.0289   8 0.0102 0.152 0.147, 0.246 -0.24
CE/J f 0.202 0.0597   8 0.0211 0.296 0.138, 0.336 -0.08
CE/J m 0.205 0.0769   9 0.0256 0.375 0.118, 0.385 0.09
DBA/1J f 0.201 0.0363   10 0.0115 0.181 0.139, 0.257 -0.1
DBA/1J m 0.171 0.0455   8 0.0161 0.267 0.132, 0.24 -0.72
DBA/2J f 0.164 0.0322   8 0.0114 0.196 0.14, 0.241 -0.96
DBA/2J m 0.181 0.0457   10 0.0145 0.252 0.141, 0.252 -0.48
FVB/NJ f 0.214 0.0315   8 0.0111 0.147 0.166, 0.266 0.2
FVB/NJ m 0.173 0.0353   7 0.0134 0.204 0.123, 0.218 -0.67
I/LnJ f 0.218 0.069   7 0.0261 0.317 0.142, 0.356 0.29
I/LnJ m 0.186 0.0193   5 0.00861 0.104 0.162, 0.213 -0.36
KK/HlJ f 0.233 0.0302   8 0.0107 0.129 0.185, 0.286 0.64
KK/HlJ m 0.261 0.0608   6 0.0248 0.233 0.193, 0.359 1.42
LP/J f 0.29 0.136   8 0.0482 0.471 0.167, 0.58 1.96
LP/J m 0.253 0.0888   8 0.0314 0.351 0.165, 0.419 1.23
NOD/ShiLtJ f 0.271 0.0708   8 0.025 0.261 0.138, 0.349 1.52
NOD/ShiLtJ m 0.219 0.0773   8 0.0273 0.353 0.105, 0.324 0.42
NON/ShiLtJ f 0.274 0.11   8 0.0387 0.4 0.164, 0.523 1.59
NON/ShiLtJ m 0.234 0.0608   8 0.0215 0.26 0.169, 0.332 0.78
NZW/LacJ f 0.184 0.021   8 0.00744 0.114 0.166, 0.226 -0.5
NZW/LacJ m 0.206 0.031   8 0.011 0.151 0.171, 0.264 0.11
PL/J f 0.221 0.0383   8 0.0136 0.173 0.167, 0.264 0.36
PL/J m 0.263 0.072   8 0.0255 0.274 0.148, 0.334 1.47
RIIIS/J f 0.17 0.0219   8 0.00776 0.129 0.145, 0.212 -0.82
RIIIS/J m 0.164 0.0378   8 0.0133 0.23 0.128, 0.242 -0.89
SJL/J f 0.224 0.0549   8 0.0194 0.245 0.154, 0.33 0.43
SJL/J m 0.203 0.0395   8 0.014 0.195 0.15, 0.262 0.04
SM/J f 0.134 0.0245   8 0.00867 0.182 0.111, 0.185 -1.65
SM/J m 0.14 0.0359   8 0.0127 0.256 0.0973, 0.198 -1.46
SWR/J f 0.233 0.0508   8 0.018 0.218 0.172, 0.296 0.64
SWR/J m 0.222 0.0373   9 0.0124 0.168 0.179, 0.308 0.49


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.2724 0.0193 0.3102 0.2345
129S1/SvImJ m 0.2575 0.0193 0.2953 0.2197
A/J f 0.168 0.0193 0.2058 0.1302
A/J m 0.1752 0.0193 0.2131 0.1374
AKR/J f 0.1887 0.0193 0.2266 0.1509
AKR/J m 0.2362 0.0193 0.2741 0.1984
BALB/cByJ f 0.1808 0.0193 0.2186 0.1429
BALB/cByJ m 0.1751 0.0193 0.213 0.1373
BALB/cJ f 0.1601 0.0172 0.194 0.1262
BALB/cJ m 0.1434 0.0172 0.1773 0.1095
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.1443 0.0193 0.1821 0.1064
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.1114 0.0193 0.1492 0.0735
BUB/BnJ f 0.2127 0.0206 0.2532 0.1723
BUB/BnJ m 0.2819 0.0193 0.3197 0.244
C3H/HeJ f 0.2941 0.0193 0.332 0.2563
C3H/HeJ m 0.2608 0.0193 0.2986 0.2229
C57BL/10J f 0.1718 0.0193 0.2096 0.1339
C57BL/10J m 0.1597 0.0206 0.2002 0.1193
C57BL/6J f 0.2131 0.0206 0.2536 0.1727
C57BL/6J m 0.2038 0.0151 0.2335 0.1742
C57BLKS/J f 0.1988 0.0164 0.2311 0.1665
C57BLKS/J m 0.1902 0.0193 0.2281 0.1524
C57BR/cdJ f 0.1588 0.0222 0.2025 0.1151
C57BR/cdJ m 0.1754 0.0193 0.2132 0.1375
C57L/J f 0.1748 0.0193 0.2126 0.1369
C57L/J m 0.1938 0.0193 0.2316 0.1559
CBA/J f 0.1855 0.0193 0.2233 0.1477
CBA/J m 0.1905 0.0193 0.2283 0.1527
CE/J f 0.202 0.0193 0.2398 0.1642
CE/J m 0.2052 0.0182 0.2409 0.1695
DBA/1J f 0.2009 0.0172 0.2348 0.167
DBA/1J m 0.1706 0.0193 0.2085 0.1328
DBA/2J f 0.164 0.0193 0.2018 0.1262
DBA/2J m 0.1812 0.0172 0.2151 0.1473
FVB/NJ f 0.2138 0.0193 0.2516 0.1759
FVB/NJ m 0.1734 0.0206 0.2139 0.133
I/LnJ f 0.2179 0.0206 0.2583 0.1774
I/LnJ m 0.1858 0.0244 0.2337 0.1379
KK/HlJ f 0.2333 0.0193 0.2711 0.1954
KK/HlJ m 0.2613 0.0222 0.305 0.2176
LP/J f 0.2898 0.0193 0.3276 0.2519
LP/J m 0.2529 0.0193 0.2907 0.215
NOD/ShiLtJ f 0.271 0.0193 0.3088 0.2332
NOD/ShiLtJ m 0.2191 0.0193 0.257 0.1813
NON/ShiLtJ f 0.2739 0.0193 0.3117 0.236
NON/ShiLtJ m 0.2339 0.0193 0.2717 0.196
NZW/LacJ f 0.1844 0.0193 0.2222 0.1465
NZW/LacJ m 0.2055 0.0193 0.2433 0.1677
PL/J f 0.2212 0.0193 0.2591 0.1834
PL/J m 0.2631 0.0193 0.301 0.2253
RIIIS/J f 0.1703 0.0193 0.2081 0.1324
RIIIS/J m 0.1642 0.0193 0.2021 0.1264
SJL/J f 0.224 0.0193 0.2618 0.1862
SJL/J m 0.203 0.0193 0.2408 0.1652
SM/J f 0.1344 0.0193 0.1722 0.0965
SM/J m 0.1403 0.0193 0.1782 0.1025
SWR/J f 0.2329 0.0193 0.2707 0.195
SWR/J m 0.2218 0.0182 0.2575 0.1861


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.2649 0.0136 0.2917 0.2382
A/J both 0.1716 0.0136 0.1984 0.1449
AKR/J both 0.2125 0.0136 0.2393 0.1857
BALB/cByJ both 0.1779 0.0136 0.2047 0.1512
BALB/cJ both 0.1518 0.0122 0.1757 0.1278
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.1278 0.0136 0.1546 0.1011
BUB/BnJ both 0.2473 0.0141 0.275 0.2196
C3H/HeJ both 0.2774 0.0136 0.3042 0.2507
C57BL/10J both 0.1657 0.0141 0.1934 0.138
C57BL/6J both 0.2085 0.0128 0.2336 0.1834
C57BLKS/J both 0.1945 0.0127 0.2194 0.1697
C57BR/cdJ both 0.1671 0.0147 0.196 0.1382
C57L/J both 0.1843 0.0136 0.211 0.1575
CBA/J both 0.188 0.0136 0.2148 0.1612
CE/J both 0.2036 0.0132 0.2296 0.1776
DBA/1J both 0.1858 0.0129 0.2112 0.1604
DBA/2J both 0.1726 0.0129 0.198 0.1472
FVB/NJ both 0.1936 0.0141 0.2213 0.1659
I/LnJ both 0.2018 0.0159 0.2332 0.1705
KK/HlJ both 0.2473 0.0147 0.2762 0.2184
LP/J both 0.2713 0.0136 0.2981 0.2445
NOD/ShiLtJ both 0.2451 0.0136 0.2718 0.2183
NON/ShiLtJ both 0.2539 0.0136 0.2806 0.2271
NZW/LacJ both 0.1949 0.0136 0.2217 0.1682
PL/J both 0.2422 0.0136 0.269 0.2154
RIIIS/J both 0.1672 0.0136 0.194 0.1405
SJL/J both 0.2135 0.0136 0.2403 0.1867
SM/J both 0.1374 0.0136 0.1641 0.1106
SWR/J both 0.2273 0.0132 0.2533 0.2013




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS