Project measure / variable:   Berndt2   inspiratory_mch10

ID, description, units MPD:35116   inspiratory_mch10   inspiratory phase   [s]  10 MCh  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - inspiratory phase 10 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.0928   s 0.0951   s
Median of the strain means0.0952   s 0.0986   s
SD of the strain means± 0.0168 ± 0.0150
Coefficient of variation (CV)0.181 0.157
Min–max range of strain means0.0717   –   0.144   s 0.0694   –   0.126   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0006 0.0006 2.1256 0.1456
strain 28 0.1073 0.0038 13.1358 < 0.0001
sex:strain 28 0.0096 0.0003 1.1808 0.2434
Residuals 412 0.1202 0.0003


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0981 0.0131   8 0.00463 0.133 0.0784, 0.116 0.32
129S1/SvImJ m 0.103 0.0153   8 0.0054 0.149 0.0753, 0.119 0.53
A/J f 0.0992 0.0199   8 0.00704 0.201 0.0847, 0.145 0.38
A/J m 0.104 0.0249   8 0.00879 0.24 0.0748, 0.148 0.6
AKR/J f 0.1 0.0267   8 0.00944 0.266 0.0727, 0.153 0.43
AKR/J m 0.0996 0.0119   8 0.0042 0.119 0.0815, 0.115 0.3
BALB/cByJ f 0.0748 0.0039   8 0.00138 0.0522 0.0703, 0.0803 -1.08
BALB/cByJ m 0.079 0.0199   8 0.00702 0.251 0.0695, 0.128 -1.07
BALB/cJ f 0.0718 0.00672   10 0.00213 0.0937 0.0648, 0.0868 -1.25
BALB/cJ m 0.0694 0.00267   10 0.000844 0.0385 0.0657, 0.0753 -1.72
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0876 0.0124   8 0.00439 0.142 0.0729, 0.113 -0.31
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0974 0.0162   8 0.00573 0.166 0.0821, 0.129 0.16
BUB/BnJ f 0.106 0.0148   7 0.00559 0.139 0.0858, 0.127 0.79
BUB/BnJ m 0.0977 0.0103   8 0.00364 0.105 0.0845, 0.113 0.18
C3H/HeJ f 0.121 0.0326   8 0.0115 0.269 0.0893, 0.178 1.68
C3H/HeJ m 0.111 0.018   8 0.00637 0.162 0.083, 0.139 1.07
C57BL/10J f 0.0722 0.00265   8 0.000937 0.0367 0.0687, 0.0764 -1.23
C57BL/10J m 0.0732 0.00662   7 0.0025 0.0904 0.0675, 0.0872 -1.46
C57BL/6J f 0.0809 0.00494   7 0.00187 0.061 0.074, 0.0888 -0.71
C57BL/6J m 0.081 0.00986   13 0.00273 0.122 0.0687, 0.0995 -0.94
C57BLKS/J f 0.0761 0.00513   11 0.00155 0.0675 0.0696, 0.0873 -1.0
C57BLKS/J m 0.079 0.0169   8 0.00598 0.214 0.0639, 0.118 -1.07
C57BR/cdJ f 0.0762 0.00647   6 0.00264 0.0848 0.0669, 0.0826 -0.99
C57BR/cdJ m 0.0773 0.00665   8 0.00235 0.086 0.0717, 0.0911 -1.19
C57L/J f 0.0787 0.00641   8 0.00227 0.0815 0.0723, 0.0901 -0.84
C57L/J m 0.0762 0.00504   8 0.00178 0.0661 0.0711, 0.087 -1.26
CBA/J f 0.0881 0.00779   8 0.00276 0.0884 0.0768, 0.103 -0.28
CBA/J m 0.0961 0.00695   8 0.00246 0.0723 0.0868, 0.108 0.07
CE/J f 0.0993 0.0216   8 0.00764 0.218 0.074, 0.137 0.39
CE/J m 0.103 0.0284   9 0.00947 0.276 0.0702, 0.146 0.53
DBA/1J f 0.0969 0.0117   10 0.00371 0.121 0.0744, 0.112 0.24
DBA/1J m 0.0989 0.0106   8 0.00376 0.108 0.083, 0.116 0.26
DBA/2J f 0.0837 0.0098   8 0.00347 0.117 0.0709, 0.0994 -0.54
DBA/2J m 0.109 0.0132   10 0.00419 0.121 0.0885, 0.13 0.93
FVB/NJ f 0.0864 0.0136   8 0.0048 0.157 0.076, 0.118 -0.38
FVB/NJ m 0.0895 0.0129   7 0.00487 0.144 0.0743, 0.112 -0.37
I/LnJ f 0.104 0.0429   7 0.0162 0.412 0.0751, 0.191 0.67
I/LnJ m 0.0999 0.0243   5 0.0109 0.244 0.0813, 0.141 0.32
KK/HlJ f 0.1 0.0165   8 0.00583 0.165 0.0776, 0.124 0.43
KK/HlJ m 0.0986 0.0145   6 0.00592 0.147 0.0734, 0.117 0.24
LP/J f 0.0954 0.0138   8 0.00488 0.145 0.0772, 0.117 0.15
LP/J m 0.101 0.0137   8 0.00485 0.135 0.0743, 0.118 0.4
NOD/ShiLtJ f 0.0795 0.00972   8 0.00344 0.122 0.0694, 0.0957 -0.79
NOD/ShiLtJ m 0.0789 0.0101   8 0.00356 0.128 0.0675, 0.0916 -1.08
NON/ShiLtJ f 0.144 0.0233   8 0.00824 0.162 0.119, 0.187 3.05
NON/ShiLtJ m 0.118 0.0296   8 0.0105 0.251 0.0778, 0.151 1.53
NZW/LacJ f 0.0952 0.00997   8 0.00353 0.105 0.0783, 0.11 0.14
NZW/LacJ m 0.117 0.0309   8 0.0109 0.264 0.0775, 0.159 1.47
PL/J f 0.101 0.0207   8 0.00733 0.205 0.0784, 0.133 0.49
PL/J m 0.101 0.0166   8 0.00587 0.164 0.0764, 0.126 0.4
RIIIS/J f 0.084 0.00618   8 0.00218 0.0735 0.0722, 0.094 -0.53
RIIIS/J m 0.0949 0.0168   8 0.00593 0.177 0.0765, 0.123 -0.01
SJL/J f 0.098 0.0185   8 0.00653 0.188 0.075, 0.136 0.31
SJL/J m 0.106 0.0188   8 0.00665 0.177 0.0831, 0.131 0.73
SM/J f 0.0717 0.00405   8 0.00143 0.0565 0.0666, 0.0783 -1.26
SM/J m 0.0715 0.00398   8 0.00141 0.0556 0.0654, 0.0785 -1.58
SWR/J f 0.122 0.0329   8 0.0116 0.271 0.0808, 0.169 1.74
SWR/J m 0.126 0.029   9 0.00967 0.231 0.0786, 0.163 2.07


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0981 0.006 0.11 0.0863
129S1/SvImJ m 0.1026 0.006 0.1145 0.0908
A/J f 0.0992 0.006 0.1111 0.0873
A/J m 0.1036 0.006 0.1154 0.0917
AKR/J f 0.1003 0.006 0.1122 0.0884
AKR/J m 0.0996 0.006 0.1114 0.0877
BALB/cByJ f 0.0748 0.006 0.0867 0.063
BALB/cByJ m 0.079 0.006 0.0909 0.0672
BALB/cJ f 0.0718 0.0054 0.0824 0.0611
BALB/cJ m 0.0694 0.0054 0.08 0.0588
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0876 0.006 0.0994 0.0757
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0974 0.006 0.1093 0.0855
BUB/BnJ f 0.1062 0.0065 0.1189 0.0935
BUB/BnJ m 0.0977 0.006 0.1096 0.0859
C3H/HeJ f 0.1209 0.006 0.1328 0.1091
C3H/HeJ m 0.1112 0.006 0.1231 0.0993
C57BL/10J f 0.0722 0.006 0.0841 0.0604
C57BL/10J m 0.0732 0.0065 0.0859 0.0605
C57BL/6J f 0.0809 0.0065 0.0935 0.0682
C57BL/6J m 0.081 0.0047 0.0903 0.0716
C57BLKS/J f 0.0761 0.0051 0.0862 0.066
C57BLKS/J m 0.079 0.006 0.0909 0.0671
C57BR/cdJ f 0.0762 0.007 0.0899 0.0625
C57BR/cdJ m 0.0773 0.006 0.0892 0.0654
C57L/J f 0.0787 0.006 0.0905 0.0668
C57L/J m 0.0763 0.006 0.0881 0.0644
CBA/J f 0.0881 0.006 0.1 0.0763
CBA/J m 0.0961 0.006 0.108 0.0843
CE/J f 0.0993 0.006 0.1112 0.0874
CE/J m 0.1031 0.0057 0.1143 0.092
DBA/1J f 0.0969 0.0054 0.1075 0.0863
DBA/1J m 0.0989 0.006 0.1108 0.087
DBA/2J f 0.0837 0.006 0.0955 0.0718
DBA/2J m 0.1095 0.0054 0.1201 0.0989
FVB/NJ f 0.0864 0.006 0.0983 0.0745
FVB/NJ m 0.0895 0.0065 0.1022 0.0769
I/LnJ f 0.1043 0.0065 0.117 0.0916
I/LnJ m 0.0999 0.0076 0.1149 0.0849
KK/HlJ f 0.1003 0.006 0.1122 0.0884
KK/HlJ m 0.0986 0.007 0.1123 0.0849
LP/J f 0.0954 0.006 0.1072 0.0835
LP/J m 0.1014 0.006 0.1133 0.0896
NOD/ShiLtJ f 0.0795 0.006 0.0914 0.0677
NOD/ShiLtJ m 0.0789 0.006 0.0908 0.067
NON/ShiLtJ f 0.1442 0.006 0.1561 0.1324
NON/ShiLtJ m 0.118 0.006 0.1299 0.1062
NZW/LacJ f 0.0952 0.006 0.1071 0.0834
NZW/LacJ m 0.1168 0.006 0.1286 0.1049
PL/J f 0.1011 0.006 0.1129 0.0892
PL/J m 0.1014 0.006 0.1132 0.0895
RIIIS/J f 0.084 0.006 0.0959 0.0722
RIIIS/J m 0.0949 0.006 0.1068 0.083
SJL/J f 0.098 0.006 0.1098 0.0861
SJL/J m 0.1062 0.006 0.118 0.0943
SM/J f 0.0717 0.006 0.0836 0.0598
SM/J m 0.0715 0.006 0.0834 0.0597
SWR/J f 0.1217 0.006 0.1336 0.1099
SWR/J m 0.1256 0.0057 0.1368 0.1144


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.1004 0.0043 0.1088 0.092
A/J both 0.1014 0.0043 0.1098 0.093
AKR/J both 0.0999 0.0043 0.1083 0.0915
BALB/cByJ both 0.0769 0.0043 0.0853 0.0685
BALB/cJ both 0.0706 0.0038 0.0781 0.0631
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0925 0.0043 0.1009 0.0841
BUB/BnJ both 0.102 0.0044 0.1107 0.0933
C3H/HeJ both 0.1161 0.0043 0.1245 0.1077
C57BL/10J both 0.0727 0.0044 0.0814 0.064
C57BL/6J both 0.0809 0.004 0.0888 0.073
C57BLKS/J both 0.0776 0.004 0.0854 0.0697
C57BR/cdJ both 0.0768 0.0046 0.0858 0.0677
C57L/J both 0.0775 0.0043 0.0859 0.0691
CBA/J both 0.0921 0.0043 0.1005 0.0837
CE/J both 0.1012 0.0041 0.1094 0.0931
DBA/1J both 0.0979 0.0041 0.1058 0.0899
DBA/2J both 0.0966 0.0041 0.1045 0.0886
FVB/NJ both 0.088 0.0044 0.0967 0.0793
I/LnJ both 0.1021 0.005 0.1119 0.0923
KK/HlJ both 0.0994 0.0046 0.1085 0.0904
LP/J both 0.0984 0.0043 0.1068 0.09
NOD/ShiLtJ both 0.0792 0.0043 0.0876 0.0708
NON/ShiLtJ both 0.1311 0.0043 0.1395 0.1228
NZW/LacJ both 0.106 0.0043 0.1144 0.0976
PL/J both 0.1012 0.0043 0.1096 0.0928
RIIIS/J both 0.0895 0.0043 0.0979 0.0811
SJL/J both 0.1021 0.0043 0.1104 0.0937
SM/J both 0.0716 0.0043 0.08 0.0632
SWR/J both 0.1237 0.0041 0.1318 0.1155




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS