Project measure / variable:   Berndt2   inspiratory_mch5

ID, description, units MPD:35115   inspiratory_mch5   inspiratory phase   [s]  5 MCh  
methacholine study
Data set, strains Berndt2   inbred   29 strains     sex: both     age: 9-12wks
Procedure plethysmography
Ontology mappings

  •   Or, add this measure to your collection.
       
  •     no folder
  •     put it in new folder  

  STRAIN COMPARISON PLOT
Dimensions Width:   px    Height:   px
Download Plot   
Visualization Options

Berndt2 - inspiratory phase 5 MCh



  MEASURE SUMMARY
Measure Summary FemaleMale
Number of strains tested29 strains29 strains
Mean of the strain means0.0866   s 0.0893   s
Median of the strain means0.0870   s 0.0861   s
SD of the strain means± 0.0113 ± 0.0133
Coefficient of variation (CV)0.131 0.149
Min–max range of strain means0.0711   –   0.113   s 0.0705   –   0.117   s
Mean sample size per strain8.0   mice 8.1   mice


  ANOVA, Q-Q NORMALITY ASSESSMENT
ANOVA summary      
FactorDFSum of squaresMean sum of squaresF valuep value (Pr>F)
sex 1 0.0007 0.0007 2.9947 0.0843
strain 28 0.0572 0.002 8.3017 < 0.0001
sex:strain 28 0.0133 0.0005 1.9347 0.0034
Residuals 412 0.1014 0.0002


Q-Q normality assessment based on residuals

  


  STRAIN MEANS (UNADJUSTED)
  
Select table page:
Strain Sex Mean SD N mice SEM CV Min, Max Z score
129S1/SvImJ f 0.0917 0.0128   8 0.00454 0.14 0.0749, 0.11 0.45
129S1/SvImJ m 0.0993 0.0193   8 0.00681 0.194 0.0711, 0.118 0.75
A/J f 0.0787 0.00486   8 0.00172 0.0617 0.071, 0.0854 -0.7
A/J m 0.0792 0.00412   8 0.00146 0.0521 0.0738, 0.0843 -0.76
AKR/J f 0.0935 0.032   8 0.0113 0.343 0.0697, 0.169 0.61
AKR/J m 0.111 0.019   8 0.00673 0.172 0.0842, 0.137 1.63
BALB/cByJ f 0.0755 0.00331   8 0.00117 0.0439 0.069, 0.0811 -0.98
BALB/cByJ m 0.0753 0.00352   8 0.00124 0.0467 0.0696, 0.0804 -1.05
BALB/cJ f 0.0721 0.00377   10 0.00119 0.0523 0.0658, 0.0783 -1.28
BALB/cJ m 0.0712 0.00273   10 0.000865 0.0384 0.0649, 0.0732 -1.36
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0766 0.0125   8 0.00443 0.164 0.066, 0.106 -0.89
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0711 0.00226   8 0.000799 0.0318 0.0688, 0.0761 -1.37
BUB/BnJ f 0.0964 0.0206   7 0.00779 0.214 0.0764, 0.124 0.87
BUB/BnJ m 0.112 0.0201   8 0.00711 0.18 0.0767, 0.14 1.7
C3H/HeJ f 0.11 0.0313   8 0.0111 0.284 0.0817, 0.162 2.07
C3H/HeJ m 0.0979 0.0199   8 0.00702 0.203 0.0758, 0.14 0.64
C57BL/10J f 0.0712 0.00368   8 0.0013 0.0516 0.068, 0.0794 -1.36
C57BL/10J m 0.0705 0.00282   7 0.00107 0.04 0.0672, 0.0751 -1.41
C57BL/6J f 0.0759 0.00256   7 0.000968 0.0338 0.0721, 0.079 -0.95
C57BL/6J m 0.0796 0.00722   13 0.002 0.0906 0.0724, 0.0979 -0.73
C57BLKS/J f 0.0785 0.011   11 0.00333 0.141 0.0697, 0.103 -0.72
C57BLKS/J m 0.0791 0.0133   8 0.00469 0.168 0.069, 0.109 -0.77
C57BR/cdJ f 0.0795 0.0103   6 0.00418 0.129 0.0729, 0.1 -0.63
C57BR/cdJ m 0.0791 0.00927   8 0.00328 0.117 0.0708, 0.1 -0.77
C57L/J f 0.0753 0.00414   8 0.00146 0.0549 0.0678, 0.0809 -1.0
C57L/J m 0.0782 0.00567   8 0.002 0.0725 0.0723, 0.0883 -0.83
CBA/J f 0.0827 0.00589   8 0.00208 0.0712 0.0754, 0.0918 -0.35
CBA/J m 0.0891 0.0139   8 0.00493 0.156 0.0779, 0.113 -0.02
CE/J f 0.0879 0.0182   8 0.00643 0.207 0.077, 0.132 0.11
CE/J m 0.0955 0.0259   9 0.00862 0.271 0.0682, 0.136 0.46
DBA/1J f 0.107 0.0185   10 0.00586 0.173 0.0857, 0.14 1.8
DBA/1J m 0.0795 0.00888   8 0.00314 0.112 0.0715, 0.0945 -0.74
DBA/2J f 0.0808 0.0178   8 0.00628 0.22 0.0697, 0.124 -0.51
DBA/2J m 0.101 0.0243   10 0.0077 0.241 0.0783, 0.14 0.88
FVB/NJ f 0.0963 0.0213   8 0.00751 0.221 0.0749, 0.127 0.86
FVB/NJ m 0.0936 0.0168   7 0.00635 0.179 0.0743, 0.116 0.32
I/LnJ f 0.0883 0.0148   7 0.00558 0.167 0.071, 0.111 0.15
I/LnJ m 0.0826 0.00577   5 0.00258 0.0698 0.0768, 0.0893 -0.5
KK/HlJ f 0.0911 0.0114   8 0.00403 0.125 0.0787, 0.108 0.4
KK/HlJ m 0.104 0.0143   6 0.00585 0.138 0.0808, 0.122 1.1
LP/J f 0.0942 0.0231   8 0.00818 0.246 0.0718, 0.132 0.67
LP/J m 0.0976 0.0203   8 0.00719 0.208 0.0777, 0.132 0.62
NOD/ShiLtJ f 0.087 0.0175   8 0.0062 0.202 0.0638, 0.122 0.03
NOD/ShiLtJ m 0.0849 0.0113   8 0.00399 0.133 0.0709, 0.0975 -0.33
NON/ShiLtJ f 0.0922 0.0253   8 0.00894 0.274 0.068, 0.15 0.49
NON/ShiLtJ m 0.0857 0.0104   8 0.00369 0.122 0.0724, 0.106 -0.27
NZW/LacJ f 0.0875 0.0145   8 0.00514 0.166 0.077, 0.114 0.08
NZW/LacJ m 0.117 0.0169   8 0.00599 0.144 0.0902, 0.141 2.08
PL/J f 0.0789 0.00488   8 0.00173 0.0619 0.0714, 0.086 -0.68
PL/J m 0.0905 0.0151   8 0.00535 0.167 0.0707, 0.115 0.09
RIIIS/J f 0.0831 0.00731   8 0.00259 0.088 0.079, 0.101 -0.31
RIIIS/J m 0.0861 0.0144   8 0.0051 0.168 0.0687, 0.114 -0.24
SJL/J f 0.0959 0.0226   8 0.00801 0.236 0.073, 0.129 0.82
SJL/J m 0.0999 0.0192   8 0.0068 0.192 0.0789, 0.137 0.8
SM/J f 0.0711 0.00251   8 0.000889 0.0354 0.0668, 0.0749 -1.37
SM/J m 0.0734 0.00477   8 0.00169 0.065 0.0695, 0.0829 -1.19
SWR/J f 0.113 0.0322   8 0.0114 0.284 0.0755, 0.152 2.33
SWR/J m 0.106 0.016   9 0.00534 0.151 0.0838, 0.122 1.25


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED)
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ f 0.0917 0.0055 0.1027 0.0808
129S1/SvImJ m 0.0993 0.0055 0.1102 0.0884
A/J f 0.0787 0.0055 0.0896 0.0678
A/J m 0.0792 0.0055 0.0901 0.0683
AKR/J f 0.0935 0.0055 0.1044 0.0826
AKR/J m 0.1107 0.0055 0.1216 0.0998
BALB/cByJ f 0.0755 0.0055 0.0864 0.0646
BALB/cByJ m 0.0753 0.0055 0.0862 0.0644
BALB/cJ f 0.0721 0.005 0.0818 0.0623
BALB/cJ m 0.0712 0.005 0.0809 0.0614
BTBR T+ Itpr3tf/J f 0.0766 0.0055 0.0875 0.0657
BTBR T+ Itpr3tf/J m 0.0711 0.0055 0.082 0.0602
BUB/BnJ f 0.0964 0.0059 0.1081 0.0848
BUB/BnJ m 0.1118 0.0055 0.1227 0.1009
C3H/HeJ f 0.1103 0.0055 0.1212 0.0994
C3H/HeJ m 0.0979 0.0055 0.1088 0.087
C57BL/10J f 0.0712 0.0055 0.0821 0.0603
C57BL/10J m 0.0705 0.0059 0.0822 0.0589
C57BL/6J f 0.0759 0.0059 0.0876 0.0643
C57BL/6J m 0.0796 0.0044 0.0882 0.0711
C57BLKS/J f 0.0785 0.0047 0.0878 0.0692
C57BLKS/J m 0.0791 0.0055 0.09 0.0682
C57BR/cdJ f 0.0795 0.0064 0.0921 0.0669
C57BR/cdJ m 0.0791 0.0055 0.0901 0.0682
C57L/J f 0.0753 0.0055 0.0862 0.0644
C57L/J m 0.0782 0.0055 0.0891 0.0673
CBA/J f 0.0827 0.0055 0.0936 0.0718
CBA/J m 0.0891 0.0055 0.1 0.0782
CE/J f 0.0879 0.0055 0.0988 0.077
CE/J m 0.0955 0.0052 0.1058 0.0852
DBA/1J f 0.1072 0.005 0.1169 0.0974
DBA/1J m 0.0795 0.0055 0.0904 0.0686
DBA/2J f 0.0807 0.0055 0.0917 0.0698
DBA/2J m 0.101 0.005 0.1107 0.0912
FVB/NJ f 0.0963 0.0055 0.1072 0.0854
FVB/NJ m 0.0936 0.0059 0.1052 0.0819
I/LnJ f 0.0883 0.0059 0.1 0.0767
I/LnJ m 0.0826 0.007 0.0964 0.0689
KK/HlJ f 0.0911 0.0055 0.102 0.0802
KK/HlJ m 0.104 0.0064 0.1166 0.0914
LP/J f 0.0942 0.0055 0.1051 0.0833
LP/J m 0.0976 0.0055 0.1085 0.0867
NOD/ShiLtJ f 0.087 0.0055 0.0979 0.0761
NOD/ShiLtJ m 0.0849 0.0055 0.0958 0.074
NON/ShiLtJ f 0.0922 0.0055 0.1031 0.0813
NON/ShiLtJ m 0.0857 0.0055 0.0966 0.0748
NZW/LacJ f 0.0875 0.0055 0.0984 0.0766
NZW/LacJ m 0.1173 0.0055 0.1282 0.1064
PL/J f 0.0789 0.0055 0.0898 0.068
PL/J m 0.0905 0.0055 0.1014 0.0796
RIIIS/J f 0.0831 0.0055 0.094 0.0722
RIIIS/J m 0.086 0.0055 0.097 0.0751
SJL/J f 0.0959 0.0055 0.1068 0.085
SJL/J m 0.0999 0.0055 0.1108 0.089
SM/J f 0.0711 0.0055 0.082 0.0602
SM/J m 0.0734 0.0055 0.0843 0.0625
SWR/J f 0.1133 0.0055 0.1242 0.1024
SWR/J m 0.1059 0.0052 0.1162 0.0956


  LEAST SQUARES MEANS (MODEL-ADJUSTED), SEXES COMBINED
Strain Sex Mean SEM UpperCL LowerCL
129S1/SvImJ both 0.0955 0.0039 0.1032 0.0878
A/J both 0.079 0.0039 0.0867 0.0712
AKR/J both 0.1021 0.0039 0.1098 0.0944
BALB/cByJ both 0.0754 0.0039 0.0831 0.0677
BALB/cJ both 0.0716 0.0035 0.0785 0.0647
BTBR T+ Itpr3tf/J both 0.0739 0.0039 0.0816 0.0661
BUB/BnJ both 0.1041 0.0041 0.1121 0.0961
C3H/HeJ both 0.1041 0.0039 0.1118 0.0964
C57BL/10J both 0.0709 0.0041 0.0789 0.0629
C57BL/6J both 0.0778 0.0037 0.085 0.0705
C57BLKS/J both 0.0788 0.0036 0.0859 0.0716
C57BR/cdJ both 0.0793 0.0042 0.0877 0.071
C57L/J both 0.0767 0.0039 0.0845 0.069
CBA/J both 0.0859 0.0039 0.0936 0.0782
CE/J both 0.0917 0.0038 0.0992 0.0842
DBA/1J both 0.0933 0.0037 0.1007 0.086
DBA/2J both 0.0909 0.0037 0.0982 0.0836
FVB/NJ both 0.0949 0.0041 0.1029 0.0869
I/LnJ both 0.0855 0.0046 0.0945 0.0765
KK/HlJ both 0.0976 0.0042 0.1059 0.0893
LP/J both 0.0959 0.0039 0.1036 0.0882
NOD/ShiLtJ both 0.0859 0.0039 0.0936 0.0782
NON/ShiLtJ both 0.0889 0.0039 0.0966 0.0812
NZW/LacJ both 0.1024 0.0039 0.1101 0.0947
PL/J both 0.0847 0.0039 0.0924 0.077
RIIIS/J both 0.0846 0.0039 0.0923 0.0769
SJL/J both 0.0979 0.0039 0.1056 0.0902
SM/J both 0.0722 0.0039 0.08 0.0645
SWR/J both 0.1096 0.0038 0.1171 0.1021




  GWAS USING LINEAR MIXED MODELS